Si tenemos una instlación de apache default. Deberemos de tener privilegios de superusuario para modificar el archivo userdir.conf ubicado en la carpeta: /etc/apache2/mods-available/
Ahi deberemos agregar la siguiente línea.
UserDir disabled
UserDir enable usuario1 usuario2
Esto permitirá un sitio web sólo para los usuarios 1 y 2 exclusivamente.
Una vez hecho esto procederemos a cargar los módulos. Para esto debemos crear un enlace simbólico entre mods-available y mods-enabled
sudo ln -s ../mods-available/userdir.load .
sudo ln -s ../mods-available/userdir.conf .
Una vez hecho esto reiniciamos el servidor apache con:
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Listo!